６月の日経平均株価は月末終値が１万5575円92銭と前月末に比べ1659円06銭（9.6％）下落した。１日の終値から１万7000円を下回り、英国の欧州連合（ＥＵ）離脱への警戒感から円相場が上昇した14日の終値は約２カ月ぶりに１万6000円を割り込んだ。その後、残留派が優勢との世論調査などを反映して持ち直したが、国民投票でＥＵ離脱が決定した直後の24日に過去８番目となる下げ幅1286円33銭を記録し、同日の終値は約４カ月ぶりに１万5000円を割り込んだ。27日以降は投資家の不安心理がやや後退して30日まで４日続伸したが、最終的に５月末を１割近く下回った。

月間高値...１万6955円73銭（１日）
月間安値...１万4952円02銭（24日）